四丶约翰福音独特强调的神学主题
约翰福音与符类福音虽然有多处共同强调的主题，然而亦有不少是作者独特强调的，可以分为数方面：
A. 道的神学
"基督论"是约翰福音重要的神学主题，而基督论中，"道的神学"更是作者所独特强调的。
查"道"字（Logos）最早见於主前6世纪以弗所哲学家Heraclitus的著作中；他视万物皆在变动中，而"道"乃是将世界万物的"动态"约束及维系起来，使它成为一个有次序及和谐的世界。故此"道"就是一个和谐的力量，使宇宙间的相对关系（如光对暗丶善与恶丶天对地）调和（类似中国道家之阴阳调顺），於是道被认为是天地之根本。在後期希腊哲人的思想中，道被视为一种有"神明"的能力，它能滋生生命，故此"道"被称为Spermatikos logos（或Seminal Logos）；"道"遂产生有生命的万物在世上（如花草树木丶海陆空动物），这种"道论"被斯多亚学派（Stoicism）推崇并发扬光大，使它成为盛行一时，无人不晓的学说。但"道"并不是"神"，也没有位格，它只是神永恒的"代理"（intermediate agent），它是"次等的神"（Second god）【注26】。至约翰牧养以弗所教会时，这种"道论"仍然在希腊学家的哲理中。
约翰虽然在希腊世界中事奉神，但他生为犹太人，自小深受犹太文化宗教的薰陶。犹太人认为"道"代表神的话，也代表神的能力（如神用话创造天地，创1:1；诗33:6丶9；147:15～18；148:8）丶权能（赛55:11；诗147:15；何6:5）丶启示（诗119:9丶105）丶智慧（伯28:12～19；箴8:22丶27）。在犹太人的伪经里，"道"代表神的作战权能（"所罗门智慧篇"7:24丶26；9:1～2；18:15～16；"传道经"24:1丶3），约翰亦表达耶稣拥有这方面的权能（启19:13）。约翰见犹太人固有传统对"道"的解释，足可作为与希腊哲学道论抗衡之用。
对希腊人来说，"道"是维系万有的"能力"，是充满宇宙的"理"；对犹太人来说，"道"是神的代名词，所以"道"对外邦人丶犹太人都代表着统治宇宙和表现神存在的名词，两方面的人都承认"道"是"万有本源"，它是自有永有，是万物之始，也是万物之源【注27】。就此，约翰发现，"道"这字所表达的观念是最妥善的，他认为"道"可以代表宇宙本体的能力，又是神的一部份。
约翰对"道"的意义却超越外邦丶犹太两大传统的思想，在其福音书的序言内（约1:1～18），他发出7大宣告：
总而言之，约翰以"道"字形容耶稣的"先存性"丶"永存性"丶"神性"；耶稣是生命的主丶神的荣光丶真理与恩典的化身，人只要面对耶稣，就宛如面对神一般。
B. 相对论
约翰福音另一个独有的神学重点，乃是作者在书中运用极多真理的相对论（dualism）。这种相对论是作者独特的文学技巧，借用甚多"对比"的事情，指出一些神学重点。
约翰的相对论可以分为以下六个范围：
1. 光与暗
耶稣是光，世界是黑暗，世界不接受祂，正如黑暗不接受光一般（约1:5丶9；3:19～20；11:35）；跟从祂的，就不在黑暗里行走（约8:12；11:46）。
2. 灵与欲
"情欲"丶"血气"乃是世人的代名词（约1:13），他们是从肉身生的，故不能进神的国（约3:6）；只有从灵生的才能（约3:5）。因为叫人活的乃是圣灵，肉体的灵（"灵"字是补字）是无益的（约6:63），不能使人得永生。
3. 恩典与律法
约翰指出，律法由摩西传出，恩典和真理却由耶稣而来（约1:17）。耶稣是丰满的来源，这丰满是恩上加恩（约1:16）。"加"字（anti）原文意"代替"，表示若恩典没有了，代替的又是恩典，故中译"恩上加恩"相当达意，而耶稣的恩典是与真理有关的。"恩典"（charis）与"真理"（aletheia）和旧约的"恩约"（hesed）及"真理"（emeth）是同一个脉理；当"恩约"（hesed）及"真理"（emeth）合在一起使用的时候，乃是指神对其应许必然实现的誓言。故耶稣的降生便开始一个新的时代，如摩西亦开始一个新时代般。在旧约，真理是有关神救赎世人的大计，如今此计画要在其爱子身上完成。耶稣的信息是恩典的真理，祂所赐的是真实的恩典，祂则是真理丶生命丶道路（约14:6）；而第三位格的神则称为真理的灵（约14:17；16:13）。
4. 耶稣与世人
祂是从上头来的，人是从下头来的（约8:23上）；祂不属於世界，世人属於世界（约8:23下）。祂论的是天上的事，见证天上的事，因为祂来自天。祂以地上的人为祂作见证（如施洗约翰的见证），只是世人不肯信祂，尤其是当时的犹太人。耶稣说，他们是出自魔鬼，不是出自神；耶稣自己却出自神（约8:42丶44丶47；17:8）。
5. 敬拜之所在
面对撒马利亚妇人，耶稣说，神是灵，故敬拜的人需要用心灵诚实拜祂（约4:24）。"心灵"和"诚实"的原文是以一个en字（意"靠丶在"）管理两个名词，所以"和"字便不作连接词的用途，而是一种以下译上的用法（参约3:5；太3:11），可译为"诚实的灵"。耶稣在此处乃强调，敬拜神不在乎地点：无论基利心山的撒马利亚圣殿，或是在耶路撒冷的圣殿；也不是用外表礼仪来亲近神，而是要用真正的心灵去敬拜祂。
6. 生命与死亡
"生命"是约翰福音一个极大的主题，而生命在作者笔下多与"永生"同义，只是约翰的永生观念将符类福音的永生作了进一步的诠释。在符类福音里，永生是末世性的丶将来的；而约翰福音的永生不单是将来的，亦是现在的。
约翰开宗明义宣布，生命在道的里头（约1:4），因为道是永恒的，在祂里面的生命就是永生。"永生"即进入神的国，但人若不重生，便不能进神的国。"重生"乃是得永生之意，这是圣灵的工作（约3:3丶5）。人能得永生，乃靠信耶稣是神的儿子（约3:16丶36上），遵守祂的道就永远不死（约8:51）；否则必至灭亡，落在神的震怒之下（约3:16下丶36下）。有永生的人是出死入生的（约5:24），他们虽然死去，将来仍会复活，进入永远不死的永生境界（约11:25～26）。
C. "我是"神学
在约翰福音里一项独特而又显着的神学主题，便是作者在七方面，透过耶稣的自称指出耶稣独特的身分。这七句全以"我是"为自称的宣告，G. C. Morgan谓应将约8:58也算在内，因此共有八句【注28】。
"我是"一词在旧约本是神的自称，当神向摩西显现时，祂便以"我是"向摩西自我介绍（出3:14）。在摩西对选民的临别赠言中，他也称神为"我是"（申32:39，中译"我"字）；以赛亚亦以"我是"向以色列人说话（赛41:4丶10；43:10；46:4，中译"我仍这样"）。耶稣向门徒作自我介绍的宣告，即七言"我是"（ego eimi）的宣告，与神在旧约时的工作类同。因此这七言等於再证实耶稣的确是继承父神的工作，正如祂自己所说："我父做事直到如今，我也做事"（约5:17）。这七言分别为：
1. 我是生命之粮（约6:35丶48）
神在旧约以吗哪喂饱以色列人凡四十年之久，如今神的儿子耶稣将天上的吗哪供应世人的需要，使凡吃的永远不饿，故称"生命的粮"。
2. 我是世界的光（约8:12）
神是将光与暗分开的神，耶稣接续神的工作，成了世界的光，将人的光暗分开，信者属光，不信者仍属黑暗。此外，光的反面是黑暗，黑暗代表罪恶（约3:19），光则代表生命（约1:4），故"世界的光"一词亦可代表世人所需要的生命—永生。犹太传统说：亚当是世界的光【注29】，但亚当本身的光却因他犯罪而黑暗了，独有耶稣的光辉煌如恒无可比拟。
3. 我是羊的门（约10:7）
在旧约，选民是草场的羊（诗100:3），神常领他们出入羊圈（诗23:2），为他们开启恩典之门。如今，耶稣以羊比作世人，凡听祂声音的羊，便是信祂的人，这些人便能进入羊圈，得永生。进入羊圈的必经之门，便是耶稣自己。
4. 我是好牧人（约10:11丶14）
近东国家的文化常将君王比作牧人【注30】，在旧约神学里，神与以色列的关系，常以牧人与羊的关系表明（诗23:1；80:1；赛40:11）。有时国家首领，也比喻作牧人（撒下7:7；代上11:2；弥5:2；太2:6；启2:27），恶君丶昏君则比喻作假牧人（参耶23:1～4；25:32～38；亚11:8丶15；赛56:9～12）。如今耶稣将自己比喻作好牧人，表示祂才是选民该接受的"明君"，神的弥赛亚王。
5. 我是复活与生命（约11:25）
复活的权能就是永生的权能，这权能惟神才有，如今耶稣也拥有，可见祂与神同等，能继续神赐人生命的圣工。
6. 我是道路丶真理丶生命（约14:6）
道路丶真理丶生命这三点，分别指出得永生的秘诀，以及到永生之国的方法。"道路"顾名思义是指门路丶途径丶办法丶方法；"真理"是指有关永生的真理；"生命"就是永生本身。而耶稣就是这三项要点之钥，没有祂，世人便全无得永生的指望。
7. 我是真葡萄树（约15:1）
此言是论及耶稣与信徒的关系，这比喻源自旧约，论神与以色列的关系（赛5:1～7；耶2:21；结19:10～14；诗80:8；何10:1）。以色列应是枝叶茂盛的葡萄树，可是他们却没有悔改的果子，如今耶稣以神"代言人"的身分，向他们说明神没有放弃祂的选民，想要与他们恢复关系。
这七大"我是"宣言，分别指出耶稣是供应的主丶光照的主丶引进的主丶呵护的主丶赐生命的主丶使生命茂密"丰盛"的主【注31】。
除了这七大宣言外，约翰在另外3处经文也提及耶稣曾自称"我是"：
约8:58
耶稣对犹太人说出自辩的话，祂先说："人若遵守我的道，就永远不见死"（约8:51）。犹太人却说："亚伯拉罕死了，众先知也死了，人怎能不死"（参约8:53），耶稣便回答：在亚伯拉罕以前，"我是"。此词表示与神列为同等的身分，祂是永恒的丶先存的。F. F. Bruce说，此时耶稣的口吻，彷佛旧约时神对选民的宣称【注32】（如赛41:4），假若耶稣是以亚兰文说出来，其口音更像旧约的"我是祂"（ani hu，中译"我是耶和华"）。犹太人明白祂的意思，认为祂亵渎神，於是拿起石头要杀祂（约8:59）。
约8:24丶28
面对反对祂的犹太人，耶稣说他们要死在罪中（"你们若不信我是基督，必要死在罪中"，"基督"二字是补字，原文没有），又对他们说，"你们举起人子以後指十字架，必知道『我是』"（约8:28，本节"基督"二字又是补字，原文没有）。
约13:19
在替门徒洗脚的晚上，耶稣宣布门徒中有人将要出卖祂（约13:18），如此一来，等事情应验後，门徒便可确信耶稣是"我是"了（约3:19，"基督"二字是补字，原文没有），并且门徒也能确信耶稣所说的是对的。
D. 我的时候
"我的时候"，此词是约翰福音里一句常见且充斥甚多神学意义的词句，共出现5次（约2:4；7:6；8:20；8:30；12:27）。按"我的时候"及其同类词，在福音书的用途可分为二类：
1. 与十架无关
在这众多经文中，只有耶稣与撒马利亚妇人谈道时，曾用过"时候将到，如今就是了"这词句（约4:21丶23）。但在此处，耶稣的语义毫无十架在望的成分，只在教导真正的崇拜不在乎地点，而是在乎心灵的真诚，这是耶稣特别强调的。祂的降世便是要使世人明白此点，将神的心意向世人说明（参赛66:1～2；徒7:49～50）。因此耶稣说"时候将到，如今就是了"，表示神在祂儿子的身上，与世人建立了一个新的"崇拜关系"。
2. 与十架有关
在迦拿婚宴那日，耶稣的母亲对祂说，主人的酒用尽了（约2:3），言下之意是希望耶稣能彰显神迹，以济他人之急。耶稣却说："妇人"（gunai，这是对妇人高贵的称呼，参约4:21；19:26），"我与你有什麽相干？"（这是犹太人的俚语，意是："我的关系与你不同"）【注33】。马利亚以为这是一个大好机会，让耶稣大大"表演一番"，也让众宾客认识她的儿子是神差派而来的弥赛亚。但耶稣随即说："我的时候还没有到"，耶稣藉此表明祂是弥赛亚，是靠祂上十字架之举显出来的（参约2:20记载有些事迹的意义，要待十架後才能清楚）。
此後在约5:25，耶稣宣告祂的"时候快到"，表示耶稣的死将成就救恩，死人（属灵之死）听见（比喻"接受"）神子的声音便能永活了。在约7:6丶8丶30；8:20；12:23称"得荣耀的时候"；在约12:27称"这时候"；约13:1称"离世归父的时候"；约16:25丶32；17:1等处"时候将到"的经文，都是指同一事实，就是耶稣要上十字架（参约12:24）。使神得荣耀的这个"时候"之来临，是耶稣一生所预料及期待的，祂从不因环境事件的发生而措手不及，反而是每一步都朝向这个"时候"而前进。
在本书里，"这时候还没有到"有不同的表达方式，如这"时候还没有到"（oupo hekei he hora，如约2:4）；又有"时机还没有到"中译"时候"（oupo parestin，如约7:6）；"时候还没有到"（oupo eleluthei he hora，如约7:30）；约8:20"还没有满"（oupo peplerotai）；有时这"时候"是"将到的"（erchetai，如约5:25下；16:25丶32上），近在眉睫的，即"现在就是了"（nun estin，如约5:25下），或"时候到了"（eleuthen he hora，如约12:23；13:1；17:1），或"现在到了"（nun eleluthen，如约16:32下）。这一切皆显出耶稣处事是按部就班，有计画的，毫无出人意料。荣耀神是耶稣一生的志愿，甚至死也在所不惜。
E. 神迹与论谈
约翰福音的结构是环绕八个神迹而成，七个在十字架前，一个在十字架後。这八个神迹，六个是约翰福音独有的：
| 1 | 以水变酒 | 2：1～11 |
| 2 | 百夫长之子得医治 | 4：46～54 |
| 3 | 毕士大池旁治病 | 5：1～9 |
| 4 | 治好生来瞎眼的 | 9：1～7 |
| 5 | 拉撒路事件 | 11：7～44 |
| 6 | 网得153条鱼 | 21：1～14 |
另外两个与符类福音相同：
| 1 | 五饼二鱼 | 6：1～14 |
| 2 | 水面行走 | 6：16～21 |
约翰藉着这八个神迹建立一个事实：耶稣确实是神的儿子，祂是可信靠的弥赛亚（参约2:23；20:31）。
除了八个神迹外，作者还记载耶稣行了不少神迹（参约2:23；6:2；12:37；20:30），只是他所用的"神迹"一字与符类福音有别。符类福音多用"奇事"（teras）意"奇异的事"丶"神迹"（dunamis）意思是"大能的事"；而约翰多用"神迹"（semeion）意"记号丶标记"，此字在约翰福音共用了17次【注34】。除约4:48用了一次"神迹奇事"（semeia kai terata），约翰较喜欢用"记号丶标记"（semeion）这字来表达耶稣的身分与工作。查semeion在约翰的笔下，不只强调神超凡的奇事，更透过神迹本身显出背後所指的神学意义（参约3:2），这神学意义就是所谓的semeion。正如耶稣洁净圣殿一事，作者称之为"神迹"（约2:18， semeion），但那事件全无超能力的"神迹"意味，这正是约翰使用semeion之目的，指出耶稣真正的身分，让人对耶稣产生信心【注35】。但并不是每人看见"神迹"（semeia）就会相信（约12:37；11:46）。
还有一字也是约翰常用的，就是指向神迹的"工作"（ergon），此字在约翰福音共出现27次，其中18次是用在耶稣身上【注36】。"工作"（ergon）与"神迹"在这福音书里是同义字（参约6:29～30；7:21，此节中文将ergon译为"事"），但亦可指非神迹性的事（如约14:12），因为此字强调"工作"丶"事"的背後确实有神在其中（参约6:28；9:33；10:37～38）。耶稣说祂的工作见证祂的实在（约5:36；10:25），而耶稣一生的工作就是"神迹"（semeion）丶"奇事"（teras）丶"大能"（dunamis）丶"工作"（ergon），祂将这些合在一起用，旨在引起人对祂的相信与接受（约14:11）。
约翰的布局是顶奇妙的，他常以神迹事件为"导引"，引出一段颇长的论谈来，如在耶路撒冷所行的神迹（约2:23～24），便引至尼哥底母论重生的论谈（约3:1～15）；在毕士大池旁的神迹（约5:1～15），便引起耶稣为自己的身分自辩的论谈（约5:19～47）；五饼二鱼的神迹（约6:1～14），则引出生命之粮的论谈（约6:26～51；6:26～65）；亦有一些事，是先有论谈後有神迹的，如医治生来瞎眼的事件（约9:1～14），是先由祂宣告祂是世界之光的论谈而来（约8:12～59）；在使拉撒路复活事件中，便引出耶稣是复活丶是生命的论谈来（约11:17～44）。
还有些论谈则是独立的，与神迹事件无关，如真崇拜的论谈（约4:7～26），活水江河的论谈（约7:37～44），好牧人的论谈（约10:1～21），麦子在地土里的论谈（约12:20～36），楼房论谈（约13:31～14:31），路上论谈（约15:1～16:33）。这些论谈有些可以分类为"对话"（如约4:7～26；7:37～44），但不管论谈的长短或性质，它们的目的乃是更进一步启示耶稣的身分丶工作，使听众能更进一步确信祂（参约14:10～11）。所以论谈占据约翰福音的大部份篇幅，胜过符类福音。
约翰福音少有符类福音的比喻故事（即喻道故事），但约翰记载耶稣的话中以"教训"为多。神学家H. C. Theiseen说："全书记载耶稣的生命约有二十天，其他都是论谈"【注37】。在本福音书里，耶稣的言比行还多，只是言行配搭起来，成为耶稣降世的目的，故此，神迹和论谈都是为了引导世人相信，耶稣是神差遣而来的救主。